3D-моделирование зубочелюстного аппарата или его части выполняется в специализированном стоматологическом ПО, которое поставляется в комплекте с CAD/CAM-системами. Они состоят из отдельных модулей для ортодонтического, ортопедического и хирургического лечения, каждый из которых предлагает отдельный набор инструментов. Такие программные системы бывают:

Открытыми. Лицензию таких систем не нужно регулярно продлевать, они работают с незашифрованным форматом файлов stl, могут взаимодействовать с компонентами, разработанными другими поставщиками стоматологического ПО и оборудования.